Роден е на 8 юли 1893 година в Берлин, Германия, в семейството на Амелия Рунд и Нейтън Перлс. Израства като бохем. Откровен дадаист, изразяващ влечение към абсурдното, анархията, отрицанието на естетичните норми, отхвърлянето на разума и критикуването на логиката в изкуството. Игнорира естетиката, възхвалявайки ирационалната мисъл или изобщо липсата на каквато и да е мисъл. Един вид подигравка с традиционните ценности в изкуството. Бори се за превръщането на художествения авангард в революционна левица.
Първоначално интересите му се насочват в областта на театъра. От него се очаквало да следва право, като своя чичо Херман Щауб, и той действително взема това решение, но за кратко. В крайна сметка решава за учи медицина в Берлинския университет. Първата световна война прекъсва студентските му години. Той служи до края на войната през 1918 година, след което продължава с образованието си. Завършва като блестящ студент, за разлика от своите ученически години. Приблизително по това време решава, че иска да насочи фокуса си върху психиатрията. Интересът му се насочва към идеите на Зигмунд Фройд и Вилхелм Райх. По време на обучението си по психотерапия във Франкфурт, той среща бъдещата си съпруга Лаура, от която има две деца. Женят се през 1930 година.
Фриц и Лаура, които са евреи, осъзнават рано, че Германия бързо е обхваната от нацизма и все повече застрашава съществуването им. Те я напускат през 1933 година. Първоначално отиват да живеят в Холандия, а година по-късно емигрират в Южна Африка.
През 1936 г., 43-годишният психоаналитик Перлс пропътува 6500 км от дома си в Южна Африка за дългоочаквана среща с Фройд. Подходящият случай е годишният психоаналитичен конгрес, който тогава се провежда в Чехословакия. Перлс е много въодушевен от това пътуване и от доклада, който се готви да изнесе. Написал е нещо, което смята за принос и дори усъвършенстване на психоанализата, и очаква с нетърпение да види как ще го приемат колегите му. Цялото събитие се оказва унизителна катастрофа за Фриц. Докладът му не е приет много ентусиазирано, новите му идеи не са приветствани от ортодоксалното психоаналитично общество. Вилхелм Райх, който някога бил аналитикът на Перлс и много му помагал, почти не забелязва присъствието му. Най-големият удар обаче идва от самия Фройд. Перлс така и не успява да прекрачи прага на стаята му. Когато му казва, че е изминал целия път от Южна Африка, за да се срещне с него, Фройд отговаря: „Добре, и кога се връщате?“ Пърлс си отива смазан и засрамен
Умира на 14 март 1970 година в Чикаго на 76-годишна възраст.
