На 23 декември 1979 г. Съветските военни сили нахлуват в Афганистан и Червената армия окупира столицата. Те превръщат града в команден център на действията си по време на 10-годишния конфликт между подкрепяното от СССР местно правителство и бунтовниците муджахидини. На 30 януари 1989 г. американското посолство в Кабул е затворено. През 1992 г. градът попада в ръцете на местните военни след краха на прокомунистическото правителство на Мохамед Наджибула. По време на разцеплението на силите във враждуващи фракции градът търпи сериозни поражения.
През 1993 г. електричеството и течащата вода са напълно прекъснати. По това време военните сили на Бурханудин Рабани, оглавяващ Джамиат-и-Ислами, поемат контрол над града, но фракцията на номиналния министър-председател Гулбудин Хекматяр Хезб-и-Ислами започва постепенно отцепване на райони от града, което продължава до 1996 г. Кабул е раздробен на зони, в които се води ожесточена борба между Джамиат-и-Ислами, Адбул Рашид Достум и политическата фракция Хезбе Уахдат. Жертвите сред мирното население са десетки хиляди, а мнозина напускат града. По данни на Обединените нации около 90% от всички сгради в Кабул са разрушени по време на тези тежки размирици.
На 26 септември 1996 г. Кабул е окончателно завзет от талибаните, които публично линчуват и екзекутират бившия президент Наджибула и неговия брат. С окупирането на столицата талибаните слагат край на битките между враждуващите групи. Бурханудин Рабани, Гулбудин Хекматяр, Абдул Рашид Достум, Ахмед Шах Масуд, всички водачи на различни фракции, избягват от града.
Почти пет години след началото на талибанския режим, през октомври 2001 г. САЩ нахлуват в Афганистан. През следващите месеци талибаните напускат Кабул след интензивните бомбардировки над града от страна на американските военновъздушни сили. Същевременно Афганистанският Северен Алианс (бивши муджахидини) постепенно възвръща контрол над града. На 20 декември 2001 г. Кабул става столица на Афганистанската преходна администрация, която се трансформира в сегашното афганистанско правителство. То се ръководи от Хамид Карзай, който от своя страна е подкрепян от САЩ.
