Магелановият проток е разположен между най-южната точка на Южна Америка нос Фроуърд (cape Froward) и остров Огнена земя. Водният път представлява най-важната естествена връзка между Атлантическия и Тихия океан, но се счита за труден маршрут, поради непредсказуемите ветрове и течения в най-тясната му част.
За пръв път през него преминават Фернандо Магелан с неговите моряци по време на първото околосветско пътешествие през 1520 г. И тъй като корабите на Магелан навлизат там на 1 ноември (Денят на Вси светии), го наричат Estrecho de Todos los Santos (Проток на Вси светии). По-късно е наречен на името на Магелан.
На 21 октомври 1520 г., на 52° южна ширина, четирите кораба на мореплавателя достигат нос Кабо Вирхенес и Магелан решава, че е открил протока, защото водата е солена и навлиза навътре в сушата. Корабите започват мъчително да навлизат в 600-километровия проток. 38 дни след навлизането в протока и след като изминават около 550 км по него, на 28 ноември 1520 г. корабите навлизат в Тихия океан. Магелан го нарича (Mar Pacifico), заради привидното му спокойствие в този ден.
Допреди завършването на Панамския канал през 1914 г., Магелановият проток е един от малкото сигурни начини да се мине през Атлантическия в Тихия океан и обратно. Още в миналото мореплавателите го избягват, понеже там времето често е ветровито и неблагоприятно, а днес корабите предпочитат да минават през Панамския канал вместо през протока.
