На 31 декември в изненадващо телевизионно обръщение към народа, Елцин обявява своето оттегляне от поста президент на Руската федерация и посочва Владимир Путин за свой наследник до изборите 26 март 2000 г. В своята реч Елцин моли за прошка за грешките, които е допуснал по времето на своето управление и заявява, че Русия има нужда от нови политически лидери през новото хилядолетие. „Моля за прошка за това, че не успях да осъществя мечтите на хората, които вярваха, че ще успеем с един скок да преминем от сивия тоталитаризъм, в светлото, богато и цивилизовано бъдеще“.
Борис Елцин е първият президент на Руската федерация. По времето на СССР е президент на РСФСР. Непосредствено след разпадането на СССР заема ръководния пост на Руската федерация. Избран е за президент за 2 последователни мандата. Умира на 76 години на 23 април 2007 г.
Първоначално Елцин е поддръжник на Михаил Горбачов, но след проведените реформи, познати като Перестройка, бъдещият президент на Русия става най-големия политически противник на лидера на СССР. На 20 май 1990 г. Елцин е избран за председател на Върховния съвет на СССР. На 12 юни 1991 г. е избран чрез свободни избори за новоучредения пост: президент на Руска съветска федеративна социалистическа република (РСФСР), която по това време е една от 15-те републики в рамките на СССР. Елцин печели 57% от вота на избирателите, в надпревара с още петима кандидати. След оттеглянето на Горбачов и окончателния разпад на СССР на 25 декември 1991 г. Елцин запазва поста си на президент на Руската федерация, държавата-наследник на СССР. През 1996 г. Борис Елцин е преизбран, като на балотажа побеждава с разлика от 13% лидера на обновената Комунистическа партия Генадий Зюганов.
Елцин реформира руската социалистическа планова икономика в капиталистическа пазарна икономика и въвежда икономическа шокова терапия, либерализация на цените и програми за приватизация. Именно заради масовата приватизация голяма част от руското национално богатство попада в ръцете на малка група от хора, наречени олигарси По-голямата част от управлението на Елцин е маркирана от инфлация, широкоразпространена корупция, икономически колапс и огромни икономически и социални проблеми, които засягат както Русия, така и всички останали бивши социалистически държави в Европа. Още в началото на управлението на Елцин много от неговите политически поддръжници се обръщат срещу него, като дори вицепрезидентът Александър Руцкой обявява реформите за „икономически геноцид“.